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生物工程的发展历史可以简单的分为三个时期：传统生物技术时期;②近代生物工程的形成和发展时期;③现代生物工程时期。

在远古时期，人们在生活实践中，就已经发现了某些生物的特殊作用，并利用这些有益生物生产出人类需要的产品，但对于各种生物的作用原理与其形态特征并未了解清楚，仅仅是凭借生活实践的经验对这类生物加以利用。早在公元前，人类就已经学会了利用微生物生产啤酒，面包，酸奶等食品，已经掌握了发酵技术。这便是传统生物技术时期，此时生物工程还不能成为一种学科。

由于人类对这种微生物形态及具体作用还未了解，因此很多科学家试图观察发现这类生物，其中有荷兰人詹生，英国人胡克等，但都因为种种原因失败了。1676年，荷兰人列文虎克用自磨的镜片制作显微镜，观察和描绘了杆菌、球菌、螺旋菌等微生物的图像。这一发现对生物工程发展有巨大的推动作用，并为近代生物技术时期的降临做出了重大贡献。1926 年美国的生化学家萨姆纳证实了从刀豆中获得的结晶JR 酶是一种蛋白质，其后又分别与人合作在 1930 年和1937 年获得了胃蛋白酶和过氧化氢酶等晶体，说明酶是一类蛋白质。

1937 年马摩里和维赛龙提出了微生物转化的方法。这一时期所生产的发酵产物都属微生物形成的初级代谢产物，这是指微生物处于对数生长期所形成的产物，主要是与细胞生长有关的产物，如氨基酸、核酸、蛋白质，碳水化合物以及与能量代谢有关的副产物，诸如乙醇、丙酮、丁醇等。

1941 年因第二次世界大战的爆发，前线和后方的不少伤员都希望能有一种比当时磺胺类药物更为有效和安全的治疗外伤炎症及其继发性传染病的药物。英国当局让病理学家弗洛里和生化学家钱恩参加到弗莱明的研究队伍中，以加速对青霉素的研制开发。除了青霉素以外，其后发现和使用有各种抗生素、氮丛酸、核背酸、维生索、多糖、多元醇、有机酸、酶制剂等。与此同时，一个新的交叉学科—生物化学工程也就诞生了。这便是近代生物工程的形成和发展时期。

多少年以来，关于生命的起源问题存在着以下一些解释。创世说。19 世纪初期之前，人们从宗教和迷信的角度对人类的起源做了各种回答。例如，基督教认为是亚当和夏娃创造了人类，即上帝创造了世间一切和人类进化论。1859 年，英国生物学家达尔文发表了“物种起源”，确立了进化论的观点，极大推动了人类思想的发展。最早观测到活细胞的是 17 世纪的荷兰人列文虎克，与其同时代的英国人 Hooke 第一次用“细胞”这个词来形容他所观察到的软木的基本单元。

19 世纪中叶，“细胞”的概念被科学界接受，成为19 世纪三大发现之一。1865 年，经典遗传学创始人奥地利人孟德尔发表了《植物杂交试验》一文，提出了遗传因子的统一律和独立分配率。孟德尔指出，生物的每一种性状都是由遗传因子控制的。这些遗传因子可以从亲代到子代，代代相传。在体细胞内，遗传因子是成对存在的，其中一个来自父本，一个来自母本，在形成配体时，遗传因子彼此分开，单独存在。他还认为，有些遗传因子是以显性形式存在的，而有些遗传因子是以隐性形式存在的。现代生物工程是以 20 世纪70 年代DNA 重组技术的建立为标志的。现代生物工程时期 是以分子生物学的理论为先导，从基因工程的技术能作为生物工程新产品的一种开发手段或 关键技术后算起的。

近代科技史实表明，每一次重大的科学发现和技术创新，都使人们对客观世界的认识产生一次飞跃;每一次技术革命浪潮的兴起，都使人们改造自然的能力和推动社会发展的力贡提高到一个新的水平。